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Archives pour l'étiquette double hélice
L’ADN porteur d’une information : BILAN
Bilan notionnel
Une molécule d’ADN est constituée de deux chaînes d’atomes, imbriquées l”une dans l’autre, formant une double hélice.
Une molécule d’ADN est constituée de deux chaînes (ou brins) de nucléotides.
Il existe 4 nucléotides différents : A, C , G et T.
Appariement des nucléotides.
- Les nucléotides sont appariés : A avec T et C avec G.
- Lorsqu’il y a un nucléotide A sur une chaîne, il y a alors toujours un nucléotide T, en face, sur l’autre chaîne.
- Lorsqu’il y a un nucléotide C sur une chaîne, il y a alors toujours un nucléotide G, en face, sur l’autre chaîne.
Complémentarité des chaînes nucléotidiques.
L’appariement des nucléotides fait que les deux chaînes de nucléotides sont dites complémentaires.
La structure de la molécule d’ADN est universelle.
L’ADN est une molécule dont les caractéristiques structurales sont identiques chez toutes les cellules eucaryotes et procaryotes.
Mots clés – Notions (à connaître)
ADN – nucléotide – Chaîne de nucléotides – brin d’ADN – double hélice – appariement des nucléotides – Complémentarité des brins
F.1 – Etude comparative de la structure de l’ADN Activité pratique
Questionnement
On cherche à déterminer et comparer les caractéristiques de molécules d’ADN de différentes espèces.
Matériel disponible
- PC + logiciel RASTOP
- Fichiers de données moléculaires (source) – Voir tableau ci-dessous.
- Fiche technique d’utilisation de Rastop.
| Nom Code PDB |
Nature | Nombre de nucléotides | Type d’organisme |
| Adn_h.pdb ADN_EtreHumain.rsm 1D7G |
ADN humain – molécule hydrogénée | 36 | Eucaryotes |
| Adn_cycl.pdb 1EQZ |
Très bel enroulement de la molécule d’ADN humain. Extrait du fichier 1EQZ sans l’histone. | 292 (exceptionnel) |
Eucaryotes |
| Rat.pdb ADN-Rat.rsm 1C |
ADN de Rat (Rattus norvegicus) |
16 | Eucaryotes |
| Adn-lev.pdb ADN_Levure.rsm 1AKP |
ADN de Levure Saccharomyces sp. | 20 | Eucaryotes |
| Adn-ec.pdb ADN_Bacterie.rsm 1AB4 |
ADN Echerichia coli |
26 | Bactérie |
| Sulfolobus.pdb 1CA5 |
ADN Sulfolobus acidocaldarius |
16 | Bactérie |
| Pyrococcus.pdb 1D3U |
ADN Pyrococcus woesei |
48 | Bactérie |
| Bacteriophage.pdb 5CRX |
ADN Bactériophage P1 |
66 | Virus |
| Herpes.pdb 1B3T |
ADN du virus de l’Herpés (Human Herpesvirus 4) | 36 | Virus |
| Adn-virus.pdb 424D |
ADN de Papillomavirus | 23 | Virus |
| Adn-vih.pdb 1BQN |
ADN proviral de virus VIH (clône12 Type 4) | 38 | Virus |
Protocole
- Temps 1 : analyse de la structure d’un fragment d’ADN humain
- Démarrer le logiciel Rastop.
- Ouvrir le fichier ADN_EtreHumain
- Activer la fonction de sélection d’une “chaîne d’atomes”
- Sélectionner une chaîne d’atomes en cliquant sur n’importe quelle atome du modèle affiché
- Choisir une couleur dans la palette pour visualiser la sélection.
- Activer la rotation du modèle moléculaire
- Décrire et noter ses observations [bilan 1]
- Sélectionner tous les atomes.
- Activer le critère de sélection “nucléotide A”, puis effectuer une “nouvelle sélection”
- Choisir la couleur “jaune” dans la palette pour visualiser la sélection.
- Répéter les trois opérations précédentes pour les nucléotides “C” (affichage en orange), “G” (affichage en bleu) et “T” (affichage en vert).
- Décrire et noter ses observations [bilan 2]
- Temps 2 : analyse de la structure de fragments d’ADN d’autres cellules eucaryotes (Rat, Levure) et procaryote (bactérie)
- Ouvrir les fichiers ADN-Rat, ADN_Levure.rsm et ADN_Bacterie.rsm
- Activer l’affichage en “mosaïque” (juxtaposer les 4 fenêtres d’affichage des modèles moléculaires
- Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués de deux chaînes d’atomes comme celui d’ADN humain et comparer avec la première description.
- Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués des mêmes nucléotides que celui d’ADN humain et comparer avec la seconde description
- Formuler une bilan général sur la structure de l’ADN chez les êtres vivants. [bilan 3]