F.1 – Etude comparative de la structure de l’ADN Activité pratique

 Questionnement

On cherche à déterminer et comparer les caractéristiques de molécules d’ADN de différentes espèces.

  Matériel disponible

Nom
Code PDB
Nature Nombre de nucléotides  Type d’organisme
Adn_h.pdb
ADN_EtreHumain.rsm

1D7G
ADN humain – molécule hydrogénée 36 Eucaryotes
Adn_cycl.pdb
1EQZ
Très bel enroulement de la molécule d’ADN humain. Extrait du fichier 1EQZ sans l’histone. 292
(exceptionnel)
Eucaryotes
Rat.pdb
ADN-Rat.rsm

1C
ADN de Rat
(Rattus norvegicus)
16  Eucaryotes
Adn-lev.pdb
ADN_Levure.rsm

1AKP
ADN de Levure Saccharomyces sp. 20 Eucaryotes
Adn-ec.pdb
ADN_Bacterie.rsm
1AB4
ADN
Echerichia coli
26 Bactérie
Sulfolobus.pdb
1CA5
ADN
Sulfolobus acidocaldarius
16 Bactérie
Pyrococcus.pdb
1D3U
ADN
Pyrococcus woesei
48  Bactérie
Bacteriophage.pdb
5CRX
ADN
Bactériophage P1
66  Virus
Herpes.pdb
1B3T
ADN du virus de l’Herpés (Human Herpesvirus 4) 36 Virus
Adn-virus.pdb
424D
ADN de Papillomavirus 23 Virus
Adn-vih.pdb
1BQN
ADN proviral de virus VIH (clône12 Type 4) 38 Virus

  Protocole

  • Temps 1 : analyse de la structure d’un fragment d’ADN humain
    • Démarrer le logiciel Rastop.
    • Ouvrir le fichier ADN_EtreHumain
    • Activer la fonction de sélection d’une “chaîne d’atomes”
    • Sélectionner une chaîne d’atomes en cliquant sur n’importe quelle atome du modèle affiché
    • Choisir une couleur dans la palette pour visualiser la sélection.
    • Activer la rotation du modèle moléculaire
    • Décrire et noter ses observations [bilan 1]
    • Sélectionner tous les atomes.
    • Activer le critère de sélection “nucléotide A”, puis effectuer une “nouvelle sélection”
    • Choisir la couleur “jaune” dans la palette pour visualiser la sélection.
    • Répéter les trois opérations précédentes pour les nucléotides “C” (affichage en orange), “G” (affichage en bleu) et “T” (affichage en vert).
    • Décrire et noter ses observations [bilan 2]
  • Temps 2 : analyse de la structure de fragments d’ADN d’autres cellules eucaryotes (Rat, Levure) et procaryote (bactérie)
    • Ouvrir les fichiers ADN-Rat, ADN_Levure.rsm et ADN_Bacterie.rsm
    • Activer l’affichage en “mosaïque” (juxtaposer les 4 fenêtres d’affichage des modèles moléculaires
    • Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués de deux chaînes d’atomes comme celui d’ADN humain et comparer avec la première description.
    • Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués des mêmes nucléotides que celui d’ADN humain et comparer avec la seconde description
    • Formuler une bilan général sur la structure de l’ADN chez les êtres vivants. [bilan 3]