L’ADN porteur d’une information : BILAN

Bilan notionnel

Une molécule d’ADN est constituée de deux chaînes d’atomes, imbriquées l”une dans l’autre, formant une double hélice.

Une molécule d’ADN est constituée de deux chaînes (ou brins) de nucléotides.

Il existe 4 nucléotides différents : A, C , G et T.

Appariement des nucléotides.

  • Les nucléotides sont appariés : A avec T et C avec G.
  • Lorsqu’il y a un nucléotide A sur une chaîne, il y a alors toujours un nucléotide T, en face, sur l’autre chaîne.
  • Lorsqu’il y a un nucléotide C sur une chaîne, il y a alors toujours un nucléotide G, en face, sur l’autre chaîne.

Complémentarité des chaînes nucléotidiques.

L’appariement des nucléotides fait que les deux chaînes de nucléotides sont dites complémentaires.

La structure de la molécule d’ADN est universelle.

L’ADN est une molécule dont les caractéristiques structurales sont identiques chez toutes les cellules eucaryotes et procaryotes.

Mots clés – Notions (à connaître)

ADN – nucléotide – Chaîne de nucléotides –  brin d’ADN – double hélice – appariement des nucléotides – Complémentarité des brins

F.1 – Etude comparative de la structure de l’ADN Activité pratique

 Questionnement

On cherche à déterminer et comparer les caractéristiques de molécules d’ADN de différentes espèces.

  Matériel disponible

Nom
Code PDB
Nature Nombre de nucléotides  Type d’organisme
Adn_h.pdb
ADN_EtreHumain.rsm

1D7G
ADN humain – molécule hydrogénée 36 Eucaryotes
Adn_cycl.pdb
1EQZ
Très bel enroulement de la molécule d’ADN humain. Extrait du fichier 1EQZ sans l’histone. 292
(exceptionnel)
Eucaryotes
Rat.pdb
ADN-Rat.rsm

1C
ADN de Rat
(Rattus norvegicus)
16  Eucaryotes
Adn-lev.pdb
ADN_Levure.rsm

1AKP
ADN de Levure Saccharomyces sp. 20 Eucaryotes
Adn-ec.pdb
ADN_Bacterie.rsm
1AB4
ADN
Echerichia coli
26 Bactérie
Sulfolobus.pdb
1CA5
ADN
Sulfolobus acidocaldarius
16 Bactérie
Pyrococcus.pdb
1D3U
ADN
Pyrococcus woesei
48  Bactérie
Bacteriophage.pdb
5CRX
ADN
Bactériophage P1
66  Virus
Herpes.pdb
1B3T
ADN du virus de l’Herpés (Human Herpesvirus 4) 36 Virus
Adn-virus.pdb
424D
ADN de Papillomavirus 23 Virus
Adn-vih.pdb
1BQN
ADN proviral de virus VIH (clône12 Type 4) 38 Virus

  Protocole

  • Temps 1 : analyse de la structure d’un fragment d’ADN humain
    • Démarrer le logiciel Rastop.
    • Ouvrir le fichier ADN_EtreHumain
    • Activer la fonction de sélection d’une “chaîne d’atomes”
    • Sélectionner une chaîne d’atomes en cliquant sur n’importe quelle atome du modèle affiché
    • Choisir une couleur dans la palette pour visualiser la sélection.
    • Activer la rotation du modèle moléculaire
    • Décrire et noter ses observations [bilan 1]
    • Sélectionner tous les atomes.
    • Activer le critère de sélection “nucléotide A”, puis effectuer une “nouvelle sélection”
    • Choisir la couleur “jaune” dans la palette pour visualiser la sélection.
    • Répéter les trois opérations précédentes pour les nucléotides “C” (affichage en orange), “G” (affichage en bleu) et “T” (affichage en vert).
    • Décrire et noter ses observations [bilan 2]
  • Temps 2 : analyse de la structure de fragments d’ADN d’autres cellules eucaryotes (Rat, Levure) et procaryote (bactérie)
    • Ouvrir les fichiers ADN-Rat, ADN_Levure.rsm et ADN_Bacterie.rsm
    • Activer l’affichage en “mosaïque” (juxtaposer les 4 fenêtres d’affichage des modèles moléculaires
    • Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués de deux chaînes d’atomes comme celui d’ADN humain et comparer avec la première description.
    • Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués des mêmes nucléotides que celui d’ADN humain et comparer avec la seconde description
    • Formuler une bilan général sur la structure de l’ADN chez les êtres vivants. [bilan 3]

:: Acides nucléiques :: ADN – ARN :: Nucléotides – Nucléosides :: ATP – ADP – GDP – GTP

Acides nucléiques
  • ADN : Homme – Rat – Levure – Bacterie (Echerichia coli) – Virus
  • ARN
Nucléotides : base azotée + pentose + acide phosphorique
Base azotée ↓                Pentose → Desoxyribose Ribose
Purine Adénine  dAMP : désoxyadénosine monophosphate ou désoxyadénylate AMP : adénosine monophosphate ou adénylate
Guanine dGMP : désoxyguanosine monophosphate ou désoxyguanylate GMP : guanosine monophosphate ou guanylate
Pyrimidine Cytosine dCMP : désoxycytidine monophosphate ou désoxycytidylate CMP : cytidine monophosphate ou cytidylate
Thymine dTMP :  désoxythymidine monophosphate ou désoxythymidylate  
Uracile   UMP : uridine monophosphate ou uridylate
Nucléosides :  : base azotée + pentose
Base azotée ↓                Pentose → Desoxyribose Ribose
Purine Adénine  désoxyadénosine  adénosine
Guanine  désoxyguanosine guanosine
Pyrimidine Cytosine désoxycytidine cytidine
Thymine  désoxythymidine  
Uracile    uridine
Co-enzyme
  • AMP-Cyclique
  • ADP
  • ATP
  • Acétyl Co-A
  • GTP
  • GDP

Réplication de l’ADN :: Exercice

:: Thème 1. La Terre dans l’Univers, la vie et l’évolution du vivant ::

Thèmes 1 – A & 3 – B || Expression, stabilité et variation du patrimoine génétique

A – Reproduction conforme de la cellule et réplication de l’ADN


 

A partir de la compréhension du protocole présenté ci-après d’une part et de l’analyse des résultats expérimentaux obtenus à la suite de la mise en oeuvre de ce protocole d’autre part , vous montrerez que la réplication de l’ADN se fait bien selon un mode semi-conservatif.

Votre argumentation, développée en trois parties, s’appuiera sur des schémas d’interprétation présentant tout à tour la situation à l’échelle moléculaire (ADN) et à l’échelle microscopique (Chromosome) au fil des différents cycles cellulaires.


 

Document – Utilisation d’un marqueur moléculaire

Lorsqu’une cellule est cultivée dans un milieu contenant de la BrdU (bromodésoxyuridine),  cette substance est incorporée lors de la synthèse de l’ADN à la place des nucléotides à thymine (T).

A chaque  réplication de l’ADN dans ce même milieu les nouveaux brins formés sont ainsi dépourvus de thymine (remplacée par la BrdU).

Cette incorporation de BrdU a une conséquence observable si on traite les chromosomes en cours de mitose par le colorant de Giemsa :

  • les chromatides sont très peu colorées si leur ADN a incorporé la BrdU sur les deux brins ;
  • en revanche elles sont normalement colorées si un seul brin de leur ADN a incorporé de la BrdU.

Des cellules de hamster, cultivées jusque-là sur un milieu normal, sont prélevées en phase G1 et puis cultivées pendant deux générations dans un milieu de culture où la thymine est remplacée par la BrdU.

Au cours du deuxième cycle cellulaire une observation des chromosomes en mitose est réalisée après coloration au Giemsa.

Mitose et conservation du caryotype | Activités de bilan et de vérification des acquis

Ce qu’il faut retenir (connaissances exigibles)

  • le nom des 4 étapes de la mitose (dans l’ordre chronologique) et les principaux événements biologiques qui se produisent à chacune de ces phases.
  • les notions de “chromatine”, “chromatide”, “centromère”, “caryotype”

Compétences

  • montrer qu’il y a conservation du caryotype lors de la mitose : les deux cellules-filles possèdent le même caryotype que celui de la cellule mère.
  • dans le cadre d’une démarche scientifique, exploiter des observations faites au microscope optique sur un tissu comportant ou non des cellules en cours de mitose

Travail à réaliser :

  • rédiger un texte sur le déroulement de la mitose, structuré en plusieurs paragraphes titrés.
  • schématiser les étapes d’une mitose, dans le cas d’une cellule de caryotype 2n=6.

Pour accéder au questionnaire, se connecter au préalable au domaine “lyceesaintmartin.org”.

   Maîtrise des Connaissances Exigibles (MCE)

L’observation d’une extrémité de racine végétale au microscope optique (x420) met en évidence des cellules d’aspects très différents.
mitose

Pour accéder au questionnaire, se connecter au préalable au domaine “lyceesaintmartin.org”.

Un corrigé sera envoyé par courrier électronique aux élèves qui ont répondu au questionnaire.

 

2 – La nature du vivant

  Questionnement
  • Qu’est-ce qui caractérise la forme de vie présente à la surface de la Terre ?
  • Quelles sont les caractéristiques communes à tous les êtres vivants ?
  • Quelle est la signification biologique de ces caractéristiques communes ?
 

A – Constitution chimique de la matière vivante

  • Qu’est ce qui distingue la matière vivante de la matière inerte sur le plan chimique ?
  • Parmi tous les éléments chimiques connus, certains sont-ils propres à la matière vivante ?
  • La matière vivante est-elle constituée de molécules qui lui sont propres ?


  • Activité 1 – Pratiquer un raisonnement scientifique – Concevoir un protocole expérimental pour résoudre un problème. [fiche de travaux pratiques]
  • Activité 2 – Pratiquer un raisonnement scientifique – Mettre en œuvre un protocole expérimental pour résoudre un problème. [fiche de travaux pratiques]
  • Activité 3 – Pratiquer un raisonnement scientifique – Exploiter les informations tirées d’un document
    • Problème à résoudre : Qu’est-ce qui caractérise la matière vivante ? Qu’est-ce qui la distingue de la matière inerte ?
    • Hypothèse – La matière vivante est constituée à partir d’éléments chimiques qui lui sont propres. [Document de référence : classification périodique des éléments]
    • Vérification – A partir d’informations tirées du document A page 40 du livre, valider ou non cette hypothèse (argumenter).
    • Conclusion (à noter dans votre cours)

     

  • Activité 4 – Pratiquer un raisonnement scientifique – Exploiter les informations tirées d’un logiciel de traitement de données

B – Structure cellulaire du vivant

  • Qu’est-ce qu’une cellule ? Quelles sont les caractéristiques d’une cellule ?
  • Qu’est-ce qu’une cellule procaryote ? Qu’est-ce qu’une cellule eucaryote ?
  • Qu’est-ce qu’une mitochondrie ? Un chloroplaste ?

Activité 1 – Observation de cellules de Nostoc et de Levure au M.O.

TN_DSCN2112Bilan

C – Métabolisme cellulaire

  • Qu’est-ce que le métabolisme ?
  • Qu’est-ce qu’un métabolisme énergétique ?
  • Qu’est-ce que la respiration ? La fermentation ?

Activité 1 – A partir d’informations tirées du document B page 53 du livre d’une part et de connaissances d’autre part, montrer que les mitochondries interviennent dans la réalisation de la respiration.

  • Qu’est-ce que les “échanges” cellulaires ?
  • Comment mettre en évidence un métabolisme cellulaire ?

Activité 2 – Mise en évidence par ExAO de la respiration de la levure du boulanger.

Bilan

D – L’ADN : support d’une information

  • Structure de l’ADN

Activité 1 – Mise en évidence de la structure moléculaire de l’ADN – Utilisation d’un logiciel de traitement de données moléculaires : Rastop.

  • Relation entre structure et information

Activité 2 – Mise en évidence de la relation entre structure de l’ADN et l’information portée par l’ADN – Utilisation d’un logiciel de traitement de séquences : GenieGen

Comparer la “portion” de l’ADN qui intervient dans la réalisation du caractère “groupe sanguin” d’un être humain, d’une personne de “groupe A” avec celle d’une personne de “groupe B” et de “groupe O”.

Notions abordées :

  • (Un) Gène : “portion” d’une molécule d’ADN qui porte une information intervenant dans la réalisation d’un caractère.
  • L’information portée par l’ADN réside dans les caractéristiques de la séquence des nucléotides :
    • sa longueur : nombre total de nucléotides ;
    • la quantité (le pourcentage) de chacun des quatre nucléotides ;
    • l’ordre de succession (d’enchaînement) des nucléotides.
  • Un allèle est une séquence de nucléotides “particulière” (ou variant, ou version d’un gène) qui porte l’information permettant la réalisation d’une variante pour un caractère donné.
    Pour un gène donné il existe plusieurs allèles. Par exemple, pour le gène “groupe sanguin” il existe trois allèles : l’allèle A, l’allèle B et l’allèle O.
    Allèle “normal” ou allèle “sauvage” = allèle le plus courant, le plus fréquent dans une population d’individus.
  • Relation entre information génétique et métabolisme cellulaire

Activité 3 – Etude du document A page 60 du livre.

Constatation : la “couleur” est une caractéristique (un caractère) de la cellule de Levure qui est réalisée par l’information que porte un gène (le gène Ade2).
La couleur”rouge” est due à l’accumulation d’une molécule (ou pigment) dans le milieu intracellulaire.  Chez les Levures “blanches” cette molécule subit une transformation chimique du métabolisme cellulaire dont le produit est une molécule appelée “adénine”.

Conclusion : la réalisation d’un caractère est donc liée à la réalisation ou non d’une ou plusieurs transformations chimiques du métabolisme cellulaire.
Et c’est l’information portée par un gène qui contrôle la réalisation ou non des transformations chimiques en question.

Documents complémentaires