Questionnement
On cherche à déterminer et comparer les caractéristiques de molécules d’ADN de différentes espèces.
Matériel disponible
- PC + logiciel RASTOP
- Fichiers de données moléculaires (source) – Voir tableau ci-dessous.
- Fiche technique d’utilisation de Rastop.
Nom Code PDB |
Nature | Nombre de nucléotides | Type d’organisme |
Adn_h.pdb ADN_EtreHumain.rsm 1D7G |
ADN humain – molécule hydrogénée | 36 | Eucaryotes |
Adn_cycl.pdb 1EQZ |
Très bel enroulement de la molécule d’ADN humain. Extrait du fichier 1EQZ sans l’histone. | 292 (exceptionnel) |
Eucaryotes |
Rat.pdb ADN-Rat.rsm 1C |
ADN de Rat (Rattus norvegicus) |
16 | Eucaryotes |
Adn-lev.pdb ADN_Levure.rsm 1AKP |
ADN de Levure Saccharomyces sp. | 20 | Eucaryotes |
Adn-ec.pdb ADN_Bacterie.rsm 1AB4 |
ADN Echerichia coli |
26 | Bactérie |
Sulfolobus.pdb 1CA5 |
ADN Sulfolobus acidocaldarius |
16 | Bactérie |
Pyrococcus.pdb 1D3U |
ADN Pyrococcus woesei |
48 | Bactérie |
Bacteriophage.pdb 5CRX |
ADN Bactériophage P1 |
66 | Virus |
Herpes.pdb 1B3T |
ADN du virus de l’Herpés (Human Herpesvirus 4) | 36 | Virus |
Adn-virus.pdb 424D |
ADN de Papillomavirus | 23 | Virus |
Adn-vih.pdb 1BQN |
ADN proviral de virus VIH (clône12 Type 4) | 38 | Virus |
Protocole
- Temps 1 : analyse de la structure d’un fragment d’ADN humain
- Démarrer le logiciel Rastop.
- Ouvrir le fichier ADN_EtreHumain
- Activer la fonction de sélection d’une “chaîne d’atomes”
- Sélectionner une chaîne d’atomes en cliquant sur n’importe quelle atome du modèle affiché
- Choisir une couleur dans la palette pour visualiser la sélection.
- Activer la rotation du modèle moléculaire
- Décrire et noter ses observations [bilan 1]
- Sélectionner tous les atomes.
- Activer le critère de sélection “nucléotide A”, puis effectuer une “nouvelle sélection”
- Choisir la couleur “jaune” dans la palette pour visualiser la sélection.
- Répéter les trois opérations précédentes pour les nucléotides “C” (affichage en orange), “G” (affichage en bleu) et “T” (affichage en vert).
- Décrire et noter ses observations [bilan 2]
- Temps 2 : analyse de la structure de fragments d’ADN d’autres cellules eucaryotes (Rat, Levure) et procaryote (bactérie)
- Ouvrir les fichiers ADN-Rat, ADN_Levure.rsm et ADN_Bacterie.rsm
- Activer l’affichage en “mosaïque” (juxtaposer les 4 fenêtres d’affichage des modèles moléculaires
- Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués de deux chaînes d’atomes comme celui d’ADN humain et comparer avec la première description.
- Utiliser les fonctionnalités du logiciel pour savoir si les trois “nouveaux” fragments d’ADN sont constitués des mêmes nucléotides que celui d’ADN humain et comparer avec la seconde description
- Formuler une bilan général sur la structure de l’ADN chez les êtres vivants. [bilan 3]